Staţiunea Zoologică Marină de la Agigea a fost înfiinţată prin Înaltul Decret Regal nr. 810 din 1 martie 1926, al cărei prim director a fost numit, prin acelaşi Decret, profesorul Ioan Borcea. În anul 1970, când staţiunea era în perioada sa de glorie, a fost desfiinţată şi trecută în componenţa Institutului Român de Cercetări Marine din Constanţa, care a luat fiinţă prin unirea tuturor instituţiilor de cercetări marine de la litoralul românesc al Mării Negre. Colectivul de cercetători s-a destrămat iar Universitatea „Alexandru Ioan Cuza” din Iaşi nu a mai putut asigura studenţilor oportunitatea de a desfăşura practica în ecosistemele litoralului românesc al Mării Negre. În 1975, secţiile institutului care funcţionau la Agigea au fost transferate la Constanţa iar clădirile staţiunii au fost preluate de întreprinderile care au construit Canalul Dunăre – Marea Neagră. În acest context, rezervaţia de plante de dune marine, unică în Europa, a rămas timp de peste 20 de ani în paragină. Staţiunea Biologică Marină de la Agigea a revenit la Universitatea “Alexandru Ioan Cuza” Iaşi în baza ordinului de transfer nr. 4147 din 28 iunie 1990, încheiat între Ministerul Transporturilor şi Comunicaţiilor, în subordinea căruia se găsea Şantierul de Construcţii Hidrotehnice – Secţia de Exploatare şi Reparaţii Utilaj Naval, şi Ministerul Învăţământului şi Ştiinţei. Oficial, redeschiderea Staţiunii a avut loc la 29 iunie 1991. Au fost încadraţi primii doi cercetători, care au început cercetări legate de flora şi fauna marină, colectivul dezvoltându-se în timp. Refacerea funcţionalităţii staţiunii s-a realizat cu mari eforturi din partea Universităţii „Alexandru Ioan Cuza” din Iaşi; s-au reparat, repus în funcţiune şi amenajat clădirile din staţiune, astfel încât să se poată desfăşura practica studenţilor în condiţii optime. Începând cu 21 martie 2004, Universitatea „Alexandru Ioan Cuza” din Iaşi este custodele ariei naturale protejate „Dunele marine de la Agigea”.
Conducerea staţiunii a fost asigurată de către Prof. Dr. Gheorghe Mustaţă (1990 – 2008), Conf. Dr. Victor Surugiu (2008-2011), Prof. Dr. Mircea Nicoară (din 2011-2018) și CS III Dr. Emanuel Ștefan BALTAG
